Viện Quy hoạch xây dựng miền Nam là đơn vị sự nghiệp công lập, nghiên cứu khoa học, thực hiện các chức năng nghiên cứu phát triển, nghiên cứu ứng dụng trong lĩnh vực quy hoạch đô thị và nông thôn, hạ tầng kỹ thuật, phát triển đô thị trên địa bàn các tỉnh phía Nam.

* Giai đoạn trước năm 2005:

Giai đoạn này tại khu vực phía Nam, Bộ Xây dựng chưa có đơn vị chuyên trách nghiên cứu lĩnh vực quy hoạch xây dựng mà chỉ có các chi nhánh hoặc các đơn vị trực thuộc hạch toán phụ thuộc. Cụ thể Viện quy hoạch đô thị – nông thôn – Bộ Xây dựng có Trung tâm Quy hoạch đô thị và nông thôn miền Nam; Công ty tư vấn xây dựng tổng hợp (Nageco) – Bộ Xây dựng có Xí nghiệp thiết kế quy hoạch xây dựng. Các đơn vị này đã đáp ứng phần nào yêu cầu nghiên cứu và tư vấn trong lĩnh vực quy hoạch xây dựng tại các tỉnh trên địa bàn.

* Giai đoạn từ 2005 - 2014:

Năm 2005, để đáp ứng yêu cầu nghiên cứu, tư vấn trong lĩnh vực quy hoạch, Bộ Xây dựng thành lập Phân viện quy hoạch đô thị và nông thôn miền Nam trên cơ sở tổ chức lại Trung tâm Quy hoạch đô thị và nông thôn miền Nam thuộc Viện Quy hoạch Đô thị – Nông thôn và Xí nghiệp thiết kế quy hoạch xây dựng thuộc Công ty tư vấn xây dựng tổng hợp (Nageco) theo Quyết định số 666/QĐ-BXD ngày 12 tháng 4 năm 2005 của Bộ trưởng Bộ Xây dựng. Phân viện quy hoạch đô thị và nông thôn miền Nam là đơn vị sự nghiệp có thu; có con dấu, tài khoản riêng, hạch toán độc lập. Có chức năng nghiên cứu và lập các đồ án quy hoạch xây dựng, quy hoạch môi trường và kiến trúc cảnh quan các vùng kinh tế trọng điểm, các khu đô thị, các khu công nghiệp, các điểm dân cư nông thôn trên địa bàn các tỉnh, thành phố khu vực Nam Trung bộ, Nam bộ và Thành phố Hồ Chí Minh (gọi tắt là các tỉnh phía Nam).

* Giai đoạn từ 2014 đến 2014:

Trước thực tế yêu cầu phát triển, đô thị hóa mạnh tại Thành phố Hồ Chí Minh và các tỉnh phía Nam; Viện Quy hoạch Xây dựng miền Nam được thành lập theo Quyết định số 554/QĐ-TTg ngày 18 tháng 4 năm 2014 của Thủ tướng Chính phủ trên cơ sở tổ chức lại Phân viện Quy hoạch Đô thị Nông thôn miền Nam.

Viện Quy hoạch xây dựng miền Nam là đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Bộ Xây dựng, có chức năng nghiên cứu phát triển, nghiên cứu ứng dụng trong lĩnh vực quy hoạch xây dựng, phát triển đô thị và nông thôn, hạ tầng kỹ thuật trên địa bàn các tỉnh phía Nam. 

Trên cơ sở Quyết định số 554/QĐ-TTg ngày 18 tháng 4 năm 2014 của Thủ tướng Chính phủ, Bộ Xây dựng ban hành các Quyết định số 1243/QĐ-BXD ngày 13/1/2014 về việc ban hành Quy chế Tổ chức và hoạt động và Quyết định số 99/QĐ-BXD ngày 25/01/2018 về việc quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, cơ cấu tổ chức của Viện Quy hoạch Xây dựng miền Nam.

* Giai đoạn từ 2024 đến nay:

Thực hiện chủ trương của Chính phủ, ngày 28/6/2024 Bộ Xây dựng ban hành Quyết định số 629/QĐ-BXD về việc sắp xếp, kiện toàn Viện Quy hoạch xây dựng miền Nam theo Quyết định số 996/QĐ-TTg ngày 25/8/2023 của Thủ tướng Chính phủ, Viện Quy hoạch xây dựng miền Nam sáp nhập vào Viện Quy hoạch đô thị và nông thôn quốc gia, là đơn vị sự nghiệp có thu và hạch toán độc lập; có chức năng nghiên cứu và lập các đồ án quy hoạch đô thị và nông thôn, các khu chức năng, các chương trình, đề án quản lý và phát triển đô thị, nông thôn, hạ tầng kỹ thuật và môi trường trên địa bàn các tỉnh phía Nam.

Trải qua quá trình hình thành và phát triển Viện Quy hoạch Xây dựng miền Nam tiếp tục đà phát triển thành đơn vị đầu ngành trên địa bàn các tỉnh phía Nam về công tác đào tạo, nghiên cứu và tư vấn Quy hoạch đô thị và nông thôn, đồng hành cùng sự phát triển của khu vực nói riêng và cả nước nói chung trong thời kỳ mới.